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La zona marítima tiene una protección de 9.3 kilómetros a la redonda, área en la que no se permite la pesca y donde encontramos el verdadero tesoro de la isla: una variedad inmensa de especies, entre las que destacan los tiburones -único lugar del planeta donde pueden hallarse tiburones martillo-, rayas, morenas, delfines, tortugas, así como una amplia gama de peces, sin mencionar la variada flora marina que surge de las profundidades.
La región insular fue descubierta en 1526 por el navegante español Joan Cabezas y ya para 1542 figuraba en el mapa de Nicolás Desliens como Isla del Coco. Durante los siglos XVII y XVIII fue refugio para los piratas y corsarios que se internaron en las costas del Pacífico de la América española y que, supuestamente, escondieron valiosos tesoros consistente en toneladas de lingotes de oro y plata. Tesoros que -se cree- se enterraron en la isla como los de William Davies, que fue ocultado entre 1684 y 1685, de Benito "Espada Sangrienta" Bonito, en 1819 y el "Gran Tesoro de Lima" que William Thompson habría sacado de Perú, en 1820.
Estas riquezas han atraído a más de 300 expediciones, incluida una del propio gobierno de Costa Rica, que tomó posesión de la isla el 15 de septiembre de 1869. Desde entonces ha habido diversos intentos de colonización que van desde expediciones científicas, expediciones de búsqueda de tesoros y hasta una colonia penal, con el fin de mantener una presencia en la Isla del Coco fracasando todos los intentos.
La primera expedición científica costarricense se llevó a cabo en 1898, cuando el presidente Rafael Yglesias envió a un grupo liderado por los investigadores Anastasio Alfaro y Henry Pittier para proteger la valiosa riqueza natural de la isla y, además, cerrar la colonia penal que llevaba seis años funcionando. La isla sirvió como base naval del gobierno costarricense desde 1978 hasta 1990, cuando la administración fue concedida al entonces Servicio de Parques Nacionales.
Aunque el nombre de Coco sugiere la posibilidad de encontrar profusión de palmas de este fruto, la verdad es que se las encuentra en muy pocos sectores de la irregular costa. Más bien se cree que se la llamó así porque la isla -por su punto estratégico- se parece a un coco ya que a lo largo de la historia ha sido punto de abastecimiento de agua y reposo de los navíos filibusteros.
Si bien está prohibida la pesca (comercial y deportiva) y tampoco se permite acampar, la isla funciona como un lugar de descanso y de refugio para algunos pescadores que se aventuran en su área de influencia. Actualmente, se desarrolla una gran actividad de turismo recreativo, naturalista y científico debido a la atracción que ejercen las bahías protegidas Chatham, Wafer e Iglesias, ideales para la practica del buceo submarino recreativo, actividad favorita de los turistas.
Debido a su tamaño y aislamiento la Isla del Coco constituye uno de los sitios naturales menos alterados por el hombre, con un alto nivel endémico y una gran diversidad biológica. Su condición de parque nacional y de área de conservación marina le dan la condición de hábitat protegido legalmente para muchas especies que se encuentran amenazadas por la actividad pesquera. En la isla se pueden realizar investigaciones sobre la evolución de las especies y el monitoreo del ambiente a largo plazo, cuyos resultados podrían dar importantes datos sobre la dinámica de sus ecosistemas y su relación con los cambios globales del ambiente marino y terrestre para la región.
La Isla del Coco fue declarada Patrimonio Natural de la Humanidad en 1997 por la UNESCO y Patrimonio Histórico Arquitectónico de Costa Rica en el 2002, debido al valor histórico y cultural que posee la Isla para el pueblo de Costa Rica y el mundo y entre las que destacan las inscripciones en las rocas de las bahías Chatham y Wafer. Isla del Coco es paso casi obligado para los barcos que viajan desde Centro y Norteamérica hacia los mares del sur que la encuentran como último punto terrestre en sus travesías hacia Galápagos, Perú, Chile, y todo las Islas del sur del Pacífico.
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