A la Isla del Coco solo se puede acceder por vía marítima. La travesía dura aproximadamente 32 horas y se inicia en el puerto de Puntarenas (muy rara vez en Guanacaste y Golfito). La ruta es cubierta generalmente por navíos turísticos, pesqueros, veleros y yates particulares.

Las embarcaciones turísticas son los cruceros Undersea Hunter, funciona todo el año; el Sea Hunter, solo de junio a noviembre; y el Okeanos Agresor, el de mayor tamaño y antigüedad. Un barco que atraca en la isla de manera esporádica es el Pacific Explorer.

Los cruceros recorren una distancia aproximada de 500 kilómetros desde Puntarenas y fondean en las bahías Wafer y Chatham, y la mayoría de sus pasajeros son buzos deseosos de sumergirse en las aguas del Coco.

Las empresas turísticas ofrecen programas de 10 días / 9 noches y de 11 días / 10 noches, los cuales incluyen el transporte terrestre desde San José a Puntarenas, alojamiento en las cabinas del navío, alimentación, entradas, entre otros servicios. Las salidas son los martes y los sábados. Reserve con anticipación.